内设办公室、人事科、法规科、发展规划科、计划财务科、帮扶科、区域协作促进科（革命老区工作办公室）、种植业管理科（农药管理办公室）、畜牧兽医科、渔业渔政管理科、乡村产业与市场信息化科（交流合作科）、乡村建设促进科、农村社会事业促进科、农村合作经济指导科、监督检查科、科技人才科、农产品质量安全监管科、农业机械化管理科（农垦科）、农田建设管理科，机关党委、离退休干部科。